レイヤーグループ毎にDXF形式で保存するには、範囲選択した図形ごとにDXF保存することでできます。
レイヤーを分けて作図する範囲選択ー片方のレイヤーの図形を選択
名前を付けて保存ーDXFを選択ー新規ーファイル名を入力ーOK
操作を動画にしましたので、ご参照ください。